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按照《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十六条的规定，在原告以借据、收据、欠条等债权凭证为依据提起民间借贷诉讼，被告否认发生借贷事实的情况下，人民法院除依据当事人提供的债权凭证外，还应综合审查其他事实和因素，对原告主张的借贷事实是否实际发生作出综合判断。总的来说，法官应当在审查借款合同、借据和借款交付凭证等直接证据形式上的真实性、合法性、关联性之外，还应当根据证据取得的方式、证据形成原因、证据形式、证据提供者情况及与案件的关系等，对证据的证明力进行审查和判断，并对比双方当事人提供证据的证明力大小，按照民事诉讼证据盖然性标准，形成内心确信，作出最终认定。
1.借贷金额
在借贷关系中，借贷金额无疑是重要案件事实，同时也会直接影响当事人之间包括钱款交付方式等各方面的交易安排。通常情况下，人们在对待不同的借贷金额时，采取的谨慎注意程度往往存在差别，在借贷金额不大的情况下，资金交付方式选择多样性、随意性较强，在审理此类案件时，如果出借人主张借款通过现金方式支付，通常通过审查借据等债权凭证的真实性、关联性、合法性，即可完成事实查证，在没有相反证据的情况下，可以确认借贷事实。而在借贷金额巨大时，无论是出借人还是借款人，一般都会对资金交付持较为谨慎的态度。对于大额借贷，人民法院通常应当对借款合同、借据、银行资金往来交付证据、企业会计资料等综合审查认定。对出借人主张通过现金方式支付的大额借贷，在出借人无法提供借据等债权凭证之外的其他证据证明借款已经实际支付的情况下，则应当进一步审查出借人的经济状况、借款人与出借人的关系、交易习惯等相关事实，从而判断当事人的主张是否成立。此外，借贷金额与当事人之间的亲疏关系、当事人的经济能力以及借款来源和用途等相关事实均有不同程度的牵连，查清借贷金额本身不仅是正确审理民间借贷案件借款本金的需要，也是进一步结合其他事实认定借贷关系是否真实发生的必要一环。
2．款项交付
如前所述，在民间借贷关系特别是自然人之间的借贷关系中，款项的实际交付关系借款合同有效成立与否，因而是审理此类案件时必须查明的事实。款项交付事实的查清，一般应当包括交付方式、交付时间、交付地点、交付人和接受交付人的情况等多方面内容。其中，交付方式主要指款项系通过银行转账、票据支付还是现金支付等方式予以实际交付。借款款项的交付方式，往往与上述借款金额有较强的联系。通常小额借贷的支付方式，当事人更愿意选择现金交易，而大额借贷由于涉及巨额现金交付，虽然我国金融现金管制较之发达国家还有较大差距，现金使用频度高、广度大，但巨额的现金交易还是较为少见。在司法实践中，出借人对于难以证明实际交付的借款，往往主张系以现金方式交易从而逃避举证证明款项已经实际交付的事实，对此应当谨慎对待。对于通过银行等第三方系统交付的款项，由于通常可以较为容易取得第三方出具的款项支付凭证，因而在交付时间、交付地点等因素的查明上并不困难。而对于出借人主张以现金交付的借款，则应当对交付时间、交付地点、交付人和接受交付人等交付细节进一步予以审查确认，从而力求查明款项交付的事实。
3．当事人的经济能力
审查当事人的经济能力，主要是对出借人的经济状况和钱款来源进行审查，同时也可以结合案件具体情况，对借款人的经济状况和借款用途予以审查，从而更好地查清案件事实，形成借贷事实是否真实发生的内心确信。从商事交易的角度看，出借人出借钱款的来源以及借款人借款的用途等，并不影响借款合同是否成立、是否有效，亦不能成为借款人不按约归还欠款的合法抗辩，因而有观点认为，人民法院在审理民间借贷纠纷案件时，没有必要也没有理由对包括钱款来源、用途等在内的当事人的经济状况进行审查。我们认为，通常情况下这种观点并无不妥，但在当事人对借贷关系是否真实发生存在异议，或者虽然案件当事人双方对借款事实无异议，但人民法院经审理后认为，根据本《规定》第十九条的规定，可能涉及虚假诉讼的时候，则为了进一步查明借贷关系的真实性，有必要对当事人的经济能力和财产变动情况等予以审查，从而对交易是否实际发生作出综合判断。
4．交易方式和交易习惯
法律对交易习惯的承认主要体现在《合同法》第一百二十五条第一款关于合同解释的规定上。该款规定，当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。之所以在合同解释上考虑交易习惯，是因为作为交易主体的行为，通常受到习惯的支配，有时当事人之所以没有在合同中作出明确约定，是因为双方对于业已形成的交易习惯均认为自然属于合同内容，无须明示。这种在合同约定不完全时以交易习惯予以补充，合同约定有歧义时以交易习惯予以明确的作法，在比较法上也为很多国家的法律和国际公约所采纳。《规定》借鉴这一法律规定，并考虑民间借贷交易的特点，规定了交易习惯作为人民法院综合认定借贷事实时应当考察的因素，在当事人之间存在长期合作关系或者本地区、本行业内存在一定交易习惯的情况下，这些既有的交易方式、交易习惯，可以用来佐证诉争交易的真实性。
实践中相当数量的民间借贷发生在熟人之间，由于存在密切关系，出于信任或碍于情面，借款合同系口头订立，当事人在交易之初也没有留存书面证据，或者因为法律认知的局限性，借款合同、借据等书面证据很不规范，比如有的借据没有借款人姓名或者借款人姓名写为别名，有的约定利息不明或违法，有的没有借款时间、借款用途或者大小写金额不一致等。在实际借款和还款过程中，借款人主张已经还清借款，但未收回借据且出借人未出具收据的情况也时有发生。这蚱书面证据不足或者仅凭书面证据认定案件事实背离事实真相的情况下，结合案件具体事实引人交易习惯，有助于法官从具体事实中辨析出案件事实。需要注意的是，当事人对于自己所主张的交易习惯，需要提供充分证据予以证明。一方面需要证明确实存在该交易习惯，另一方面该交易习惯应当为双方当事人共同认可和遵循。由于交易习惯的多样性，在认定和适用时，应当特别注意公开性、公认性、合法性原则，除能够证明在双方当事人之间达成的特别交易习惯外，对于更大范围内的交易习惯，应当原则上以一定地域或行业内反复、稳定存在，具有区域或行业内交易主体共同认知和认可的习惯，方能确认为交易习惯，而且，交易习惯的运用应当以不具备反证为前提。
5.证人证言
民间借贷交易的特点决定了，很多借贷的发生有中间人介绍、保荐或担保、见证，因此在审查民间借贷案件事实时，证人证言往往也是证明案件事实情况的重要证据，应当予以重视和认真审查。需要明确的是，人民法院在审查证人证言时，应当严格按照《民事诉讼法》和《民诉法解释》等相关法律、司法解释的规定进行，特别是对于客观证据较为薄弱的案件，更要注意甌别证人证言的真实性、合法性，避免证人与当事人之间因利益牵扯等原因提供虚假证言，从而造成事实认定错误。在认定证人证言的时候，还可以灵活运用对质等方法，以便更好地查清案件事实。
除了证人证言，在民间借贷案件审理中，人民法院对借贷双方当事人本人或者经办人的陈述也应当予以重视。作为交易亲历者，当事人本人或者经办人，应当可以完整、清晰地记述借贷交易的原因、款项交付时间、地点、款项来源、借款用途等细节，要求其到庭接受法庭询问和当事人的交叉询问，通常对于查清案件事实具有帮助。
